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December 2023

PhD Defense: Laura Zanella (Orpailleur)

15 December 2023 @ 14:00 pm - 16:00 pm
B013

Laura Zanella (Orpailleur) will defend her thesis, entitled "Biomedical Event Extraction Based on Transformers and Knowledge Graphs", on Friday, December 15th at 2 pm in room B013. Abstract : Biomedical event extraction can be divided into three main subtasks; (1) event trigger detection, (2) argument identification, and (3) event construction. In this work, for the first subtask, we analyze a set of transformer language models that are commonly used in the biomedical domain to evaluate and compare their capacity for…

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Soutenance HDR de Sabeur Aridhi

18 December 2023 @ 14:00 pm - 17:00 pm
A008

La soutenance HDR de Sabeur Aridhi , intitulée « Découverte de connaissances à partir de grands graphes biologiques » aura lieu lundi 18 décembre à 14h00 en salle A008.   Résumé Les graphes sont utilisés dans de nombreux domaines différents, allant de la sécurité informatique des réseaux sociaux, à la géographie et à la bioinformatique. Leur polyvalence et leur capacité à modéliser des données complexes en font un outil précieux pour résoudre plusieurs problèmes notamment dans le domaine de l'extraction de connaissances à…

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PhD Defense: Teven Le Scao (Synalp)

18 December 2023 @ 15:00 pm - 17:00 pm
A006

Teven Le Scao (Synalp) will defend his thesis, entitled "Scaling multilingual language models under constrained data", on Monday, December 18th at 3 pm in room A006. Abstract This work is concerned with large language models (LLMs), the current dominant paradigm in natural language processing in research and industrial settings, thanks to those models’ generalization capabilities. Although LLMs have generated wide excitement, many obstacles are left before they can be deployed everywhere, not the least of which is the fact that…

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Soutenance HDR d’Isaure Chauvot de Beauchene

19 December 2023 @ 14:00 pm - 17:00 pm
A008

La soutenance d'HDR d'Isaure Chauvot de Beauchene , intitulée « Modélisation 3D des interactions protéine-ARN par assemblage de fragments » aura lieu mardi 19 décembre à 14h00 en salle A008.   Résumé La modélisation des assemblages entre protéines et ARN simple-brin (ARNsb) nécessite un échantillonnage des conformations 3D possibles d'ARNsb, ce que sa très grande flexibilité rend difficile. Ce manuscrit décrit une approche par assemblage combinatoire de fragments, qui contourne ce problème: La séquence d’ARN est découpée en fragments chevauchants suffisamment…

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PhD Defense: Anna Kravchenko (Capsid)

20 December 2023 @ 9:00 am - 11:00 am
A008

Anna Kravchenko (Capsid) will defend his thesis, entitled "Fragment-based modelling of protein-RNA complexes for protein design", on Wednesday, December 20th at 9 am in room A008. Abstract : The structural modelling of protein-ssRNA complexes poses a significant challenge due to the inherent flexibility of ssRNA. The state-of-the-art fragment-based docking method, ssRNA’TTRACT, is hindered by sampling and scoring problems, i.e. failure to generate correct models and inaccurate ranking, respectively. Both problems stem mainly from the protein-RNA parameters of the ATTRACT scoring…

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