Felix Gaschi (Orpailleur) soutiendra sa thèse* intitulée "Comprendre et évaluer les embeddings multilingues non supervisés dans les domaines général et clinique", le 14 décembre à 15h en salle A008. Résumé : Les données labellisées et non labellisées sont plus souvent disponibles en anglais que dans d'autres langues. Dans le domaine clinique, les données non anglaises peuvent être encore plus rares. Les représentations, ou plongements lexicaux, multilingues peuvent avoir deux propriétés utiles dans cette situation. La première est l'alignement multilingue, où…
Find out more »Laura Zanella (Orpailleur) will defend his thesis, entitled "Biomedical Event Extraction Based on Transformers and Knowledge Graphs", on Friday, December 15th at 2 pm in room B013. Abstract : Biomedical event extraction can be divided into three main subtasks; (1) event trigger detection, (2) argument identification, and (3) event construction. In this work, for the first subtask, we analyze a set of transformer language models that are commonly used in the biomedical domain to evaluate and compare their capacity for…
Find out more »La soutenance HDR de Sabeur Aridhi , intitulée « Découverte de connaissances à partir de grands graphes biologiques » aura lieu lundi 18 décembre à 14h00 en salle A008. Résumé Les graphes sont utilisés dans de nombreux domaines différents, allant de la sécurité informatique des réseaux sociaux, à la géographie et à la bioinformatique. Leur polyvalence et leur capacité à modéliser des données complexes en font un outil précieux pour résoudre plusieurs problèmes notamment dans le domaine de l'extraction de connaissances à…
Find out more »La soutenance d'HDR d'Isaure Chauvot de Beauchene , intitulée « Modélisation 3D des interactions protéine-ARN par assemblage de fragments » aura lieu mardi 19 décembre à 14h00 en salle A008. Résumé La modélisation des assemblages entre protéines et ARN simple-brin (ARNsb) nécessite un échantillonnage des conformations 3D possibles d'ARNsb, ce que sa très grande flexibilité rend difficile. Ce manuscrit décrit une approche par assemblage combinatoire de fragments, qui contourne ce problème: La séquence d’ARN est découpée en fragments chevauchants suffisamment…
Find out more »Anna Kravchenko (Capsid) will defend his thesis, entitled "Fragment-based modelling of protein-RNA complexes for protein design", on Wednesday, December 20th at 9 am in room A008. Abstract : The structural modelling of protein-ssRNA complexes poses a significant challenge due to the inherent flexibility of ssRNA. The state-of-the-art fragment-based docking method, ssRNA’TTRACT, is hindered by sampling and scoring problems, i.e. failure to generate correct models and inaccurate ranking, respectively. Both problems stem mainly from the protein-RNA parameters of the ATTRACT scoring…
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