La soutenance d’HDR d’Isaure Chauvot de Beauchene , intitulée « Modélisation 3D des interactions protéine-ARN par assemblage de fragments » aura lieu mardi 19 décembre à 14h00 en salle A008.
Résumé
La modélisation des assemblages entre protéines et ARN simple-brin (ARNsb) nécessite un échantillonnage des conformations 3D possibles d’ARNsb, ce que sa très grande flexibilité rend difficile. Ce manuscrit décrit une approche par assemblage combinatoire de fragments, qui contourne ce problème: La séquence d’ARN est découpée en fragments chevauchants suffisamment petits pour que leur espace conformationnel soit discrétisé par un ensemble de prototypes de cardinalité raisonnable. Ces ensembles sont positionnés sur toute la surface de la protéine, les poses de meilleur score d’interaction sont conservées, et celles géométriquement compatibles sont assemblées en modèles complets d’ARN. Cet assemblage consiste en la recherche des meilleurs chemins de longueur fixe dans le graphe de connectivité des poses pondérées de leur score/rang.
Je présente d’abord cette approche et ses limites, puis résume des avancées – fruits de mes encadrements – sur différents aspects de cette approche globale :
– un outil de création de bibliothèques de fragments 3D d’ARN et leur analyse statistique (ProtNAff)
– un algorithme de clustering qui crée le plus petit ensemble de prototypes représentatif d’un ensemble fini de structures 3D (Radius, collab. Yann Guermeur)
– une approche hiérarchique branch-and-bound de sampling exhaustif de positions de fragment dans une poche protéique (DeepATTRACT)
– le développement analytique d’un potentiel gros-grain protéine-ARNsb (HIPPO)
– des variantes pour applications particulières : au domaine protéique nommé RRM, aux hairpins d’ARN, aux ADN et aux glycanes .
Je termine avec des pistes de recherches sur le passage aux ARN structurés, et la prise en compte de la flexibilité de la protéine.
Jury
- Jessica Andreani (rapporteuse), Chercheuse CEA (HDR), I2BC, Saclay
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Samuela Pasquali (rapporteuse), Professeure, CiTCoM, Paris
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Fariza Tahi (rapporteuse), Professeure, IBISC, Évry
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Juan Cortes, DR CNRS, LAAS, Toulouse
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Tap Ha-Duong, Professeur, BioCIS, Paris
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Thérèse Malliavin, DR CNRS, LPCT, Nancy
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Marie-Dominique Devignes (Marraine), CRHC CNRS (HDR), LORIA, Nancy
