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Soutenance HDR d’Isaure Chauvot de Beauchene
Résumé
La modélisation des assemblages entre protéines et ARN simple-brin (ARNsb) nécessite un échantillonnage des conformations 3D possibles d’ARNsb, ce que sa très grande flexibilité rend difficile. Ce manuscrit décrit une approche par assemblage combinatoire de fragments, qui contourne ce problème: La séquence d’ARN est découpée en fragments chevauchants suffisamment petits pour que leur espace conformationnel soit discrétisé par un ensemble de prototypes de cardinalité raisonnable. Ces ensembles sont positionnés sur toute la surface de la protéine, les poses de meilleur score d’interaction sont conservées, et celles géométriquement compatibles sont assemblées en modèles complets d’ARN. Cet assemblage consiste en la recherche des meilleurs chemins de longueur fixe dans le graphe de connectivité des poses pondérées de leur score/rang.
Jury
- Jessica Andreani (rapporteuse), Chercheuse CEA (HDR), I2BC, Saclay
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Samuela Pasquali (rapporteuse), Professeure, CiTCoM, Paris
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Fariza Tahi (rapporteuse), Professeure, IBISC, Évry
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Juan Cortes, DR CNRS, LAAS, Toulouse
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Tap Ha-Duong, Professeur, BioCIS, Paris
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Thérèse Malliavin, DR CNRS, LPCT, Nancy
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Marie-Dominique Devignes (Marraine), CRHC CNRS (HDR), LORIA, Nancy

