Slide 1: predit en 1951 mais verifie experimentallement plus de 12 ans apres! Slide 2: Un exemple de feuillet beta. Les interactions majeures sont au niveau du backbone (chaine principale). Ici on voit 3 chaines peptidiques; la paire de chaine du haut est parallele tandis que la paire du bas est anti-parallele. On a du bleu pour les atomes d'azote N, rouge pour oxygene O et gris pour les atomes de carbone C. Ici on voit les liens inter-atomes seulement. Il manque les atomes d'hydrogene... qui seraient lies aux atomes d'azote a mi-chemin sur les lignes pointillees. Le pont H est alors l'interaction: C=O...H-N l'oxygene veut voler l'hydrogene de l'azote! La chaine commence au N-terminal (en bleu car azote) et se termine au C-terminal (en gris car carbone). Les atomes d'oxygenes sont de part et d'autres de la chaine et peuvent etre places de facons geometriques connaissant la position des autres atomes du backbone. En fait le calcul des angles phi/psi/omega n'implique pas les atomes d'oxygene. A remarquer ici: 1 patron de pont H entre paire parallele et 2 patrons entre paire anti-parallele. Ces 2 patrons sont souvent appeles "Closed" et "Opened" ou bien "Narrow" et "Wide". Le patron "Closed" voit les 2 ponts H plus pres l'un de l'autre que dans le patron "Opened"... patron parallele: HBond( k, i+1 ) ^ HBond( i-1, k ) patron anti Closed: HBond( i, j ) ^ HBond( j, i ) patron anti Opened: HBond( i-1, j+1 ) ^ HBond( i+1, j-1 ) HBond( i, j ) est vrai si le C=O de i vole le H-N de j :-) Slide 3: vue de cote d'un feuillet. En vert on a les carbones beta; i.e. le premier atome de carbone de la chaine laterale (side-chain). Si on suit un strand on voit que les side-chains alternent de part et d'autre du feuillet (i pointe vers le haut, i+1 vers le bas, i+2 vers le haut et ainsi de suite). Chaque side-chain a un partenaire lateral, et forment ainsi une bande, un peu comme les coupes forestieres dans lesquelles on laisse une rangee d'arbre entre chaque rangee de coupe. D'ou les partenaires beta! On soupsconne que la nature des acides amines; i.e. le contenue en atomes des sides-chains sont correles pour les partenaires beta etant donne qu'ils se retrouvent proches dans l'espace. Slide 4: Un beta-bulge est un residue d'extra qui s'insere dans un des strands. Le residue d'extra va dans un strand de bordure seulement! Ca introduit alors d'autres motifs de ponts H autres que les 3 discutes auparavant. On a peut-etre pas assez d'exemplaires dans PDB pour faire une etude statistique (pour les predire de la sequence). Y'a un papier sur la classification de ces beta-bulges. Slide 5: un exemple particulier de beta-sheet: un beta-helix. C'est pareil a une helice alpha sauf que le rayon est bien + grand. Slide 6: un exemple particulier de beta-sheet: un beta-propeller. Ce sont 4 feuillets beta qui s'assemble dans l'espace pour former une turbine... Slide 7: un exemple particulier de beta-sheet: un beta-sandwich. C'est 2 feuillets beta qui se mettent 1 par dessus l'autre. Slides 8-9: Beta-barrel. C'est un feuillet beta dont le dernier strand est apparie au premier de sorte qu'il n'y a pas de strand de "bordure" puisque chaque strand a 2 voisins. Slides 10-12: l'aggregation des feuillets beta. Slide 13: les forces en jeu entre les 2 chaines peptidiques. Les charges partielles sur les atomes sont notes en rouges. La principale force liant les 2 chaines est le pont H (#1) entre le C=O et le H-N. Ensuite on a les dipoles C=O C=O (#3), et le pont H bifurque (#5). Les autres interations, le dipole H-N H-N (#4) et le #2 sont d'ordre plus faibles. Slide 14: article sur dipole C=O C=O (#3) et le pont H bifurque C-H...O (#5). Slides 15-16: Annotation des feuillets beta a partir des coordonnees atomiques.