Marie-Dominique Devignes

Chargée de Recherches (CR1) au CNRS, Département des Sciences de la Vie, j'ai travaillé à l'Institut Jacques Monod de 1980 à 1989 puis dans le laboratoire de Charles Auffray à Nogent sur Marne et à Villejuif de 1990 à 2001. A partir de 1998, j'ai commencé à travailler à temps partiel au LORIA à Nancy (Directeur actuel : Karl Tombre). Je suis rattachée au Loria à plein temps depuis 2002.

Après avoir été quelques années dans l'équipe Langue et Dialogue , travaillant avec Malika Smaïl-Tabbone , nous sommes toutes les deux intégrées depuis l'automne 2003 dans l'équipe ORPAILLEUR .

Admise en 1977 au Concours d'entrée à l'Ecole Normale Supérieure (Sèvres-Ulm), j'ai étudié la biochimie et la physiologie dans les Universités Paris VI et Paris VII. Docteur en Biologie Moléculaire en 1982, Docteur ès Sciences en 1988, je suis aussi Agrégée de Physiologie-Biochimie depuis 1980. Plus récemment, en 2001, j'ai complété ma formation par le DESS d'Informatique Double Compétence de l'Université Henri Poincaré (Nancy 1).

Mon travail au LORIA s'inscrit dans le thème Bioinformatique et Applications à la Génomique, initié en 2000 au LORIA dans le cadre du Plan Etat-Région. Il concerne la recherche d'informations biologiques dans les bases de données hétérogènes, et leur intégration. Le domaine d'application principal est la mise en relation des gènes humains avec les pathologies encore inexpliquées, rares et/ou multifactorielles.

Projet Xmap
Projet Xcollect :
- Poster ECCB2003
- Short Paper ISMB-ECCB-2004 (Text and Slides )
- NETTAB'05 paper (Text and Slides)
Projet BioRegistry

Projet ACGR : Approach for Candidate Gene Retrieval

De 2004 à 2007 j'ai coordonné un groupe de travail - séminaire financé par l'ACI IMPBio sur l'intégration des systèmes d'information en Biologie (ISIBio). Pour en savoir plus : Groupe de Travail-Séminaire ISIBio . Voir aussi le rapport de fin de contrat.

De fin 2004 à fin 2006 j'ai coordonné le projet "Bioinformatique et Applications à la Génomique" financé dans le cadre du Contrat de Plan Etat-Région : PRST-Lorraine "Intelligence Logicielle" (2000-2006).

Depuis Janvier 2007 je suis responsable du projet "Modélisation des Biomolécules et de leurs Interactions (MBI)" financé dans le cadre du Contrat de Plan Etat-Région : PRST-Lorraine "Modélisations, Information, Systèmes Numériques (MISN)" (2007-2013).

Depuis Septembre 2007 je suis membre des Equipes de Direction du LORIA et du Centre de Recherche INRIA Nancy - Grand-Est au titre d'animatrice du thème transversal Informatique et Vivant. Voir à ce sujet l'exposé présenté le 13 février 2008 lors de la visite de l'AERES pour l'évaluation du laboratoire.

Mots clés : Extraction de connaissances à partir de bases de données (ECBD) ,Bio-ontologies, Web sémantique, Méthodes symboliques de fouille de données symbolique,Fouille de données biologiques complexes, Recherche d'information dans des bases de données hétérogènes, documents structurés, XML, Intégration de données biologiques hétérogènes et complexes, métadonnées - Cartographie des gènes humains, recherche de gènes candidats, localisation des régions promotrices des gènes humains, pharmacogénomique, annuaire des bases de données biologiques.