ADAGIO

Algorithmique discrète & ses applications en génomique et imagerie

Département 1 : Algorithmique, calcul, image et géométrie


Responsable de l’équipe : Isabelle Debled-Rennesson

Tél. :  +33 3 83 59 30 37
Mail : isabelle.debled-rennesson@loria.fr

Responsable permanent : Eric Demenjoud
Tél. : +33 3 83 59 30 19
Mail : eric.domenjoud@loria.fr

Site de l’équipe

Présentation :

L’équipe ADAGIo a pour objectif général la mise au point d’algorithmes efficaces sur les structures discrètes (telles que graphes, mots, arbres, ensembles de points dans un espace, …). Les solutions proposées reposent généralement sur des études théoriques profondes des propriétés combinatoires, géométriques ou arithmétiques de ces structures. Les champs d’applications privilégiés de ces travaux sont la bioinformatique et l’imagerie. En effet, les modèles discrets apparaissent de façon naturelle et essentielle en bioinformatique. D’autre part, certains objets discrets ont une interprétation géométrique et leurs propriétés sont utilisées pour résoudre des problèmes issus du traitement d’image ou de la modélisation géométrique.
Une attention particulière est portée au développement de logiciels expérimentaux basés sur des algorithmes issus de nos travaux.

Axes thématiques

• Algorithmique discrète
• Géométrie discrète
• Combinatoire des mots

Softwares

  • DGtal
  • SIGffRid

Collaborations

• Relations avec des chercheurs issus de plusieurs universités internationales comme l’Université libre de Berlin et l’Université de Hambourg (Allemagne), l’Université de Genève (Suisse), l’Université d’Auckland (Nouvelle-Zélande), l’Université de Fredonia (USA) et l’Académie des Sciences de Russie.

•Participations à plusieurs projets et groupes de travail nationaux sur le thème de la géométrie discrète et de la bioinformatique.

• Collaborations avec des équipes issues de laboratoires français dont le LaBRI (Bordeaux), le LIRIS (Lyon), le LIRMM (Montpellier), l’ISIT (Clermont-Ferrand), le LSIIT (Strasbourg), le LGM INRA-UHP, L’EDAM UHP (Nancy), le LITA (Metz), l’UQAM (Montréal), Télécom de Bretagne, le LIPADE (Paris), le LATP (Marseille), le GIPSA (Grenoble), le LAMA (Chambéry)

• Implication de notre équipe au sein du Pôle de Recherche Scientifique et Technologique (PRST) Intelligence Logicielle, en particulier sur le thème Bioinformatique et Applications à la Génomique. Collaborations avec le Laboratoire de Génétique et de Microbiologie de l’Université Henri Poincaré de Nancy.

Mots-clés

Algorithmique discrète, géometrie discrète, droites discrètes, plans discrets, reconnaissance, analyse d’image, algorithmique des mots, , algorithmique des séquences

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